Page 37 - 《华中农业大学学报》2020年第6期

第 ６ 期 覃悦 等: 黄单胞菌分泌蛋白的理化性质及特征分析 ３ １

泌蛋白数量分别为 １３５ 、 １３５ 、 １２８ 个. 同时, 按照理论等电点数值大小将分泌蛋白酸
1.2 分泌蛋白理化性质分析 碱性分为酸性( 小于 ６．０ )、 中性( ６．０~８．０ ) 以及碱性
运用 Protscale蛋白质数据库分析分泌蛋白质 ( 大于 ８．０ ) 蛋 白, 对 XCB１００ 、 XC８００４ 、 XCCN１４ 中
的理化性质, 包括理论等电点、 不稳定性系数、 亲水 的 分 泌 蛋 白 理 论 等 电 点 进 行 分 析, 结 果 显 示:
性、 疏水性等 [ １５ ] . XCB１００ 分泌蛋白中, 酸性蛋白数量为 ４３ 个( 比例
1.3 分泌蛋白保守结构域分析 为 ３１．８５％ ), 中 性 蛋 白 数 量 为 ３５ 个 ( 比 例 为
[ １６ ]
采用 SMART 分 析 分 泌 蛋 白 质 的 保 守 结 ２５．９３％ ), 碱性蛋白数量为 ５７ 个( 比例为 ４２．２２％ );
构域. XC８００４ 分泌蛋白中, 酸性蛋白数量为 ４４ 个( 比例
1.4 分泌蛋白转运肽分析 为 ３４．３８％ ), 中 性 蛋 白 数 量 为 ２７ 个 ( 比 例 为
[ １７ ]
采用 Tar g etP ２．０ 分 析 分 泌 蛋 白 质 的 转 ２１．０９％ ), 碱性蛋白数量为 ５７ 个( 比例为 ４４．５３％ );
运肽. XCCN１４ 分泌蛋白中, 酸性蛋白数量为 ３４ 个( 比例
1.5 数据分析 为 ２５．１９％ ), 中 性 蛋 白 数 量 为 ４０ 个 ( 比 例 为
采用 MicrosoftExcel对所获得的数 据进行分 ２９．６３％ ), 碱性蛋白数量为 ６１ 个( 比例为 ４５．１９％ )
析, 并采用 Ori g in作图软件完成分析图制作. ( 图 １A ).上述结果表明, ３ 种黄单胞菌中分泌蛋白
的理论等电点数值范围具有较大的相似性, 酸性、 中
2 结果与分析
性及碱性蛋白所占比例基本相似, 尤以碱性蛋白所
2.1 分泌蛋白理论等电点分析 占比例较高, 高于 ４０％ .进一步对上述 ３ 种黄单胞
采用 Protscale 蛋 白 质 数 据 库 分 析 XCB１００ 、 菌中分泌蛋白理论等电点与氨基酸长度之间的关系
XC８００４ 、 XCCN１４ 中的分泌蛋白所具有的理论等电 进行分析, 结果显示, ３ 种黄单胞菌中分泌蛋白的氨
基酸长度多为 １００~４００aa , 理论等电点多分布于
点, 可知其分别为 ３．７１~１１．３９ 、 ３．９２~１１．０７ 、 ３．７１~
１１．３９ ( 图 １A ), 进一步分析发现, XCB１００ 分泌蛋白 ４．５~７．０ 以及 ７．５~１０．０ , 并且理论等电点与氨基酸
中, 位于 ８．５１~９．００ 和 ９．０１~９．５０ 的分泌蛋白数量 长度之间无明显相关关系( 图 １B ).
与此同时, 通过对分泌蛋白的原子数量、 分子质
最多( 均为 １８ 个, 比例为 １３．２４％ ), 其次位于 ５．５１~
６．００ 的分泌蛋 白 数 量 ( 为 １７ 个, 比 例 为 １２．２５％ ); 量及分子式、 消光系数、 脂肪族氨基酸指数和半衰期
XC８００４ 分泌蛋白中, 位于 ９．０１~９．５０ 的分泌蛋白 等分析, 发现不同类型分泌蛋白所含正、 负电荷氨基
数量 最 多 ( １８ 个, 比 例 为 １３．３３％ ), 再 是 是 位 于 酸残基数不同, 即碱性蛋白的负电荷氨基酸数均小
５．５１~６．００ 的 分 泌 蛋 白 数 量 ( 为 １７ 个, 比 例 为 于正电荷氨基酸残基数; 酸 性 蛋 白 中 的 正 电 荷 氨
１２．５９％ ); XCCN１４ 分泌蛋白中, 位于 ８．５１~９．００ 的 基酸残基数都小于 负 电 荷 氨 基 酸 残 基 数; 而 中 性
分泌蛋白数量最多( １９ 个, 比例为 １４．０７％ ), 其次是 蛋白中 的 正 负 电 荷 氨 基 酸 残 基 数 基 本 相 同; 此
位于 ６．０１~６．５０ 的分泌蛋白数量( 为 １７ 个, 比例为 外, 分子数量较大的蛋白, 其 原 子 数 量 也 较 多 ( 数
１２．５９％ )( 图 １A ). 据未显示).

图 １ 黄单胞菌中分泌蛋白理论等电点分布( A ) 及其与氨基酸长度之间关系( B ) 情况
Fi g ．１ Thetheoreticalisoelectricp ointdistributionofsecretar yp roteins ( A ) in
X．cam p estrisanditsrelationshi pwithaminoacidlen g th ( B )