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韩长志,许僖.粘绿木霉Gv29-8的碳水化合物活性酶类蛋白预测及遗传关系分析[J].华中农业大学学报,2017,36(5):39-44
粘绿木霉Gv29-8的碳水化合物活性酶类蛋白预测及遗传关系分析
Prediction and genetic relationship of CAZymes proteins from Trichoderma virens Gv29-8 genome
投稿时间:2017-05-01  
DOI:
中文关键词:  碳水化合物活性酶类蛋白  粘绿木霉  遗传关系  预测程序
英文关键词:CAZymes  Trichoderma virens  genetic relationship  prediction algorithm
基金项目:国家自然科学基金项目(31560211); 云南省森林灾害预警与控制重点实验室开放基金项目(ZK150004); 云南省林学一流学科建设项目(51600625)
作者单位E-mail
韩长志 西南林业大学林学院/云南省森林灾害预警与控制重点实验室昆明 650224 hanchangzhi2010@163.com 
许僖 西南林业大学林学院/云南省森林灾害预警与控制重点实验室昆明 650224  
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中文摘要:
      利用CAT(CAZymes analysis toolkit)在线分析程序对Trichoderma virens Gv29-8中碳水化合物活性酶类蛋白(carbohydrate active enzymes,CAZymes)不同亚家族的分布情况进行分析,结果表明:粘绿木霉Gv29-8中含有185个CAZymes蛋白,分为主要类别和复合类别两种类型;其中,主要类别含有71个GH蛋白、54个CBM蛋白及12个AA蛋白、25个CE蛋白、3个PL蛋白、3个GT蛋白;复合类型含有17个蛋白。遗传关系分析表明,CAZymes分类应进一步细化到更小的类别。
英文摘要:
      Carbohydrate active enzymes protein (CAZymes),one large kind of important proteins of plant pathogenic fungi and bacteria,plays an important role in its growth and development. Trichoderma virens Gv29-8 is the important bio-control agent of Trichoderma ssp.,inhibiting many plant pathogens. Predicting and analyzing the characteristics of the CAZymes is of great significance. Based on 377 secreted proteins obtained preliminary data,CAZymes protein was predicted with CAT forecasting procedures. 185 CAZymes proteins were found in T. virens Gv29-8 and divided into major categories and composite category. The former includes 71 GHs,54 CBMs,12 AAs,25 CEs,3 PLs and 3 GTs; the latter includes 17 CAZymes proteins. Genetic analyses showed that CAZymes classification should be further refined to a smaller category. It will lay a solid theoretical foundation for further studying its function.
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