从辣椒疫病病土和病株上分离鉴定辣椒疫霉菌（Phytophthora capsici）,得到11个致病性和11个非致病性菌株。利用RAPD分子标记对其遗传多样性进行分析,结果表明受试致病性和非致病性辣椒疫霉菌株分别聚为1个组,但其中3个非致病性菌株与致病性菌株聚为1个组。ITS序列分析发现,受试致病性和非致病性辣椒疫霉菌株分别聚为1个组,但是非致病性辣椒疫霉菌的遗传多样性比致病性的高,这说明致病性菌株可能是单系群起源。此外,在辣椒疫霉菌的遗传表型和地理来源方面,致病性和非致病性辣椒疫霉菌之间不存在任何关系,这表明辣椒疫霉菌的起源并不单独依赖其地理来源。