参照Genbank上公开发表的PCV1全基因序列设计引物，以质粒pSK-PCV为模板扩增出PCV1-ORF2基因，插入pMD18-T载体，对筛选出的阳性质粒进行测序，将测序结果同Genbank上发表的PCV1基因序列相比较，同源性达97％，再与Genbank上发表的PCV2的ORF2基因序列相比较发现PCV1-ORF2和PCV2-ORF2的差异表现在两者在核苷酸序列的2个部位互相存在基因缺失现象。将推导出的PCV1-ORF2的氨基酸序列同PCV2-ORF2进行比较，发现二者在几个功能区相当保守，尤其是N-末端的核定位序列、N-糖基化位点以及酪氨酸磷酸化位点。