为了研究云南地方水稻品种遗传多样性水平。对采自云南17个村落的82份品种以及代表籼粳不同类型的3份标准样的遗传背景进行SSR分析。19对引物共检测出83条多态带(分子量变异范围是100～500bp)。根据L71K；MA法用遗传相似系数进行聚类分析。结果表明，这85份水稻品种遗传相似系数在0．152～0．900之间存在显著的遗传变异。这些品种的遗传多样性并非均匀的按地理位置分布，而是在相似系数为0．152的水平上明显分为2个不同类群：籼稻类群和粳稻类群。从不同村落采集的叫同一名称的品种的遗传背景并不相近。研究表明，保护云南地方水稻品种十分必要，但是需要制定合适的策略，确保有效保护活动。另外选择合适的SSR引物是区分籼粳类型的理想手段。