对侧耳属18个种52个菌株及3个其它属的菌株的28S rDNA 5‘端进行PCR扩增，得到长度约为1．46kb的片段。对该片段分别用7种限制性内切酶AluⅠ、BamHⅠ、HaeⅢ、HhaⅠ、HinfⅠ、MspⅠ、TaqⅠ酶切，结果表明，MspⅠ酶切片段多态性最高，AluⅠ对侧耳属无酶切多态性。聚类分析结果表明，菌株间的相似系数为0．569－1．000，在92％相似水平可将侧耳分为5大类：Ⅰ、红平菇和桃红侧耳；Ⅱ、鲍鱼菇和囊盖侧耳；Ⅲ、具核侧耳；Ⅳ、金顶侧耳；Ⅴ、其它所有供试侧耳。