对22个野生型紫云英根瘤菌菌株的质粒和抗性基因的研究结果表明,不同紫云英根瘤菌菌株都含有1-4个数量不等的质粒,其分子量变幅在18.5-300Kb之间。大部分野生型分离菌具有不同程度的抗庆大霉素,卡那霉素,四环素和链霉素的能力;其中抗庆大素和抗卡那霉素的能力超出一般快生型根瘤菌的许多倍。对菌株HR104的热处理消除试验结果表明,抗庆大霉素的因子与其中的一个巨型质粒(p104c)相关。用消除质粒p104c的突变株回接寄主植物仍能够形成有效根瘤,说明该质粒的存在与共生固氮过程无关。