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木薯MePP2CAa基因克隆、表达及蛋白互作分析  PDF

  • 曾坚 1
  • 李丽珍 1
  • 沈梓欣 1
  • 林墁 1
  • 刘博婷 1
  • 吴春来 2,3
  • 李冰 4
  • 胡伟 3
  • 曾力旺 2,3
1. 韶关学院广东省粤北食药资源利用与保护重点实验室/英东生物与农业学院,韶关 512005; 2. 中国热带农业科学院科技信息研究所,海口 571101; 3. 中国热带农业科学院热带作物生物育种全国重点实验室/热带生物技术研究所,海口 571101; 4. 平江县第一中学,岳阳 414500

中图分类号: S533

最近更新:2024-01-30

DOI:10.13300/j.cnki.hnlkxb.2024.01.016

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摘要

为探究2C型蛋白磷酸酶(protein phosphatase 2C, PP2C)在木薯响应非生物胁迫过程中的作用,利用木薯Arg7叶片cDNA扩增MePP2CAa基因,分析该基因序列、启动子活性、不同逆境和激素处理下的表达模式以及与ABA受体PYLs之间的互作关系。序列分析结果显示,MePP2CAa基因全长1 311 bp,编码436个氨基酸,具有PP2C家族的结构域特征,与橡胶树和麻风树的PP2C序列同源性最高,分别为78.95%和74.09%,在C端保守;qRT-PCR分析结果显示,MePP2CAa基因在木薯储藏根中的表达显著高于茎、叶中的表达量;不同逆境和激素处理结果显示,甘露醇、NaCl、ABA、MeJA、低温和SA处理可以显著诱导MePP2CAa基因的表达;MePP2CAa基因启动子序列分析显示,启动子包含ABA应答元件(abscisic acid responsive element,ABRE)、MeJA响应元件、干旱诱导元件等;酵母双杂交结果显示MePP2CAa能够与MePYL1互作。以上结果表明,MePP2CAa基因可能响应木薯的非生物胁迫。

脱落酸(abscisic acid, ABA)在植物的生长发育中扮演着重要角色,涉及种子发芽、幼苗发育、植物生长、开花、性别分化和果实成熟等多个过

1-3,同时也参与植物对干旱、高盐、寒冷和病原体侵染等非生物和生物胁迫反4-5。然而,ABA信号通路相对复杂,直到2009年,学者们才在拟南芥中阐明了ABA信号转导的核心通路,该通路包括ABA受体PYR/PYL/RCARs(ABA信号的正向调节)、蛋白磷酸酶A(PP2CAs)亚家族(ABA信号的负向调节)和蛋白激酶SnRK2s(ABA信号的正向调节6

农业生产受干旱的影响,会导致作物生长受阻,作物产量显著降

7-8。激素是植物对非生物胁迫做出响应的重要调节因子,其中ABA是对干旱胁迫做出反应的关键激9。研究表明,当植物面临干旱胁迫时,会增加ABA含量,同时也会改变许多基因的表达,这种反应既有ABA依赖的反应,也有非ABA依赖的调节系统,而ABREs则是ABA依赖反应途径中的主要反应元10-12。PP2C A亚家族通常在ABA信号转导中发挥负调节作613,目前已经在水14-15、玉16、二穗短柄17、棉18等物种中鉴定出PP2C A亚家族成员。研究表明,拟南芥中的abi1/abi2/hab1/ahg3/pp2ca基因突变体可以通过负调节ABA信号来影响植物的生长发19-20和应激反21-22。异源过表达ZmPP2CZmPP2C-A10基因可以负调节ABA信号传递,使转基因拟南芥对外源ABA处理不敏感,而对盐分和干旱胁迫的敏感性增23-24;另外,过表达杨树PP2C基因也会负调节ABA信号转导,进而使转基因植株对干旱胁迫更加敏25

木薯(Manihot esculenta Crantz)是热带和亚热带地区一种重要的粮食作物,是全球第六大粮食作物,为7亿人提供碳水化合

26-27。木薯具有典型的抗旱特性,可以作为作物抗旱机制研究的理想材28。目前关于木薯中PP2C基因家族的研究相对有29,该基因在非生物胁迫下的功能和调控机制仍不清楚。因此,为了深入研究PP2C基因在木薯抗逆过程中的功能,本研究克隆了MePP2CAa基因,并对其编码蛋白序列进行生物信息学分析,分析MePP2CAa基因的自激活和启动子活性,不同逆境胁迫和激素处理下的表达模式,以及与ABA受体PYLs之间的互作关系,旨在为深入研究MePP2CAa基因的功能提供有价值的参考。

1 材料与方法

1.1 试验材料和处理

试验品种为木薯Arg7,由中国热带农业科学院热带生物技术研究所提供。采集大田种植环境下木薯叶片(90 d)、茎(90 d)和储藏根(R1 90 d、R2 150 d、R3 210 d、R4 270 d)材料;选取扦插后60 d长势一致的木薯Arg7幼苗进行不同激素和胁迫处理试验,①100 μmol/L MeJA、100 μmol/L SA、100 μmol/L ABA处理后分别在0、2、6、12、24 h采集叶片;② 300 mmol/L NaCl和200 mmol/L 甘露醇处理后分别在0 h、2 h、6 h、3 d和14 d采集叶片;③ 4 ℃处理后分别在0、2、6、12、48 h采集叶片。采样后迅速放入液氮速冻,于-80 ℃超低温冰箱中保存,用于RNA提取和实时荧光定量分析。

1.2 基因克隆与生物信息学分析

根据Phytozome数据库中的木薯序列(Manes.02G128000),设计引物MePP2CAa-F/MePP2CAa-R(表1),以叶片cDNA为模板进行扩增。利用ExPASy ProtParam(http://web.expasy.org/protparam/)对MePP2CAa基因编码蛋白的理化性质进行分析,运用SOPMA和SWISS-MODEL(https://swissmodel.expasy.org/)进行结构预测,利用BLASTP(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)进行同源序列的搜索,利用MEGA-X中的MUSCLE方法进行序列比对,采用Neighbor-joining法构建系统发育树。

表1  引物序列
Table 1  Primers used in this experiment

基因名称

Gene name

引物序列(5′―3′)

Primers sequences

用途

Usage

MePP2CAa F:ATGGCGATGGCTGGGATATGTTGCGAA; R:CGTGCCTTTCCTAAGATCCAC 基因克隆 Gene cloning
qMePP2CAa F:ACCGTCCAGATGAGTTGAAG;R:CCGTCCGTTCCGTTATCG

实时荧光定量PCR

qRT-PCR

TUB F:TGCCATGTTCCGTGGAAAGATG;R:CCCCTAGGTGGAATGTCACAGACAC
MePP2CAaP F:GTCTCACATAAGCCTATAAGCA;R:TAAAAAAGAAAATACACTCCTTATTAACTC

启动子克隆

Promoter cloning

BD MePP2CAa F:GGAATTCATGGCTGGGATATGTTGCGAA;R:CGGGATCCCGTGCCTTTCCTAAGATCCAC

酵母双杂交

Yeast two-hybrid assay

AD MePP2CAa F:GGAATTCATGGCTGGGATATGTTGCGAA;R:CGGGATCCCGTGCCTTTCCTAAGATCCAC
BD MePYL1

F:GGAATTCCATATGATGATAGAAAAGCTTGAGG;

R:CGGGATCCGATGCAATTAATGGGCTCAGTC

BD MePYL2

F:GGAATTCATGATTCTTGATCTTAACCTC;

R:CGGGATCCAGATGATGATGATGATGATTG

BD MePYL3

F:GGAATTCATGGAGAAGCCAGAGTCCTCA;

R:CGGGATCCAATTACCTGCGATTTTCCGTCAC

BD MePYL4

F:GGAATTCCATATGATGCCTTCTAATCCTCACAAG;

R:CGGGATCCCGATGATGATGTATTGTTTCTG

1.3 启动子克隆和序列分析

从Phytozome(https://phytozome-next.jgi.doe.gov/)中获取木薯MePP2CAa基因上游1 500 bp启动子序列,设计MePP2CAaP-F/MePP2CAaP-R引物扩增启动子区域(表1),利用PlantCARE(https://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/)对MePP2CAa基因启动子进行顺式作用元件分析。

1.4 启动子活性分析

将pGreenⅡ 0800-LUC-MePP2CAaP载体转入农杆菌GV3101感受态细胞,挑选阳性转化子,将菌体用注射烟草的重悬液调整至OD600为1.0,25 ℃恒温培养箱中暗培养3 h后,将其注射至生长56 d左右的烟草嫩叶下表皮,培养3 d后进行双荧光素酶含量的测定,计算LUC/REN值,每个样品6次生物学重复。

1.5 基因表达分析

根据MePP2CAa序列设计实时荧光定量PCR引物qMePP2CAa-F和qMePP2CAa-R(表1),分析MePP2CAa基因在不同激素和胁迫处理中的表达情况,MeTUB为内参基因,使用2-△△Ct

26计算基因的相对表达量。

1.6 转录激活和互作分析

将载体pGBKT7-MePP2CAa转化到酵母中,取200 μL涂板至一缺培养基(SD/‒Trp),29℃培养48~96 h,挑取长势较好的单菌落验证阳性转化子,用液体SD/‒Trp培养基活化阳性转化子菌落,用ddH2O稀释至合适浓度,取2 μL菌落水溶液分别点于SD/‒Trp、SD/‒His和SD/‒His/X-α-gal培养基,29 ℃培养观察菌落生长状况。

构建MePYLs和MePP2CAa基因的酵母表达载体。以pGADT7-T和pGBKT7-53作为阳性对照、pGADT7-T和pGBKT7-Lam作为阴性对照,将阳性对照质粒组合、阴性对照质粒组合以及构建的重组质粒组合(引物见表1)两两转化到AH109酵母感受态中培养观察蛋白的互作情况。挑取SD/‒Trp/‒Leu培养基上的长势较好的单菌落验证阳性转化子,挑取原始菌落进行10倍稀释,吸取稀释后菌落水溶液2 µL,点于SD/‒Trp/‒Leu和SD/‒Trp/‒Leu/‒Ade/‒His培养基,29 ℃培养观察菌落生长状况。

2 结果与分析

2.1 MePP2CAa基因克隆

前期试验结果表明,木薯PP2C基因(Manes.02G128000)可以受到ABA和PEG的诱导表达(图1A、B)。根据Manes.02G128000序列设计引物进行基因扩增,得到长度1 311 bp的片段(图1C),经测序分析发现,该片段编码436个氨基酸,保守结构域预测显示该蛋白含有PP2C家族结构域(图1D),因此命名为MePP2CAa基因。MePP2CAa蛋白的分子式为C2030H3298N602O647S31,理化性质分析结果显示,MePP2CAa蛋白的分子质量为47.48 ku,理论等电点为6.08,不稳定系数为54.24,属不稳定蛋白。序列分析发现MePP2CAa基因序列包含4个外显子和3个内含子。

图1  MePP2CAa基因的克隆及不同处理条件下的表达分析

Fig.1  Cloning and expression analysis of MePP2CAa in different treatments

A:ABA处理下MePP2CAa基因的表达分析 Expression level of MePP2CAa under ABA treatment; B:PEG处理下MePP2CAa基因的表达分析 Expression level of MePP2CAa under PEG treatment; C:MePP2CAa基因扩增 MePP2CAa gene amplification. M:DNA marker;1:目标基因 Target gene;2:阴性对照 Negative control;D:MePP2CAa蛋白结构域分析 Conserved domain analysis of MePP2CAa*表示0.05水平上差异显著,* indicates significant difference at 0.05 level.

2.2 MePP2CAa氨基酸序列同源性比对和系统发育分析

利用NCBI数据库序列查找与MePP2CAa蛋白序列相似性较高(>65%)的蛋白序列,序列比对结果显示,MePP2CAa蛋白序列与橡胶树PP2C(XP_021649290.1)和麻风树PP2C(KDP42204.1)一致性最高,分别为78.95%和74.09%(图2),表明不同物种间PP2C蛋白序列具有较高的保守性。系统进化树分析显示,大戟科植物木薯MePP2CAa和橡胶树HbPP2C24亲缘关系较近,位于同一分支(图3)。

图2  MePP2CAa蛋白序列的同源性比对

Fig.2  Homologous alignment of MePP2CAa sequences

黑色线段表示PP2C结构域,由307个氨基酸组成。The black line represents the PP2C domain,which consists of 307 amino acids.

图3  基于MePP2CAa氨基酸序列相似性构建的系统发育树

Fig.3  Phylogenetic tree based on MePP2CAa amino acid sequence similarity

2.3 MePP2CAa基因启动子的活性分析

通过PCR获得MePP2CAa基因1 500 bp的启动子序列,利用PlantCARE数据库对MePP2CAa基因的启动子序列进行分析,结果如图4所示,该基因的启动子除了包含基本的核心启动子元件,还包括2个ABRE顺式调控元件、2个MeJA响应元件及1个干旱诱导元件。为了验证克隆得到的MePP2CAa基因启动子是否具有活性,进行了瞬时转化烟草叶片的实验。结果显示,克隆得到的MePP2CAa基因启动子具有较高的活性,能够有效启动下游结构基因的表达。

图4  MePP2CAa的启动子活性分析

Fig.4  The promoter activity analysis of MePP2CAa

**表示在0.01水平上差异显著。** indicates significant difference at 0.01 level.

2.4 MePP2CAa基因的表达分析

木薯储藏根、茎、叶3种组织中MePP2CAa基因的表达模式分析结果显示(图5),MePP2CAa基因在储藏根中的表达明显高于叶和茎。MePP2CAa基因在储藏根中的表达随着发育时间的增加而上升,在R2(150 d)阶段达到最高水平,随后呈下降趋势。为了探究MePP2CAa基因的表达是否受胁迫诱导,检测了不同胁迫和激素处理条件下叶片中MePP2CAa基因的表达水平,结果显示,NaCl处理和甘露醇处理条件下,MePP2CAa基因的表达量随着处理时间的延长而增加,在14 d时达到最高(图6A、B);冷处理下,MePP2CAa基因的表达量在48 h达到最高(图6C)。MeJA和ABA处理下,MePP2CAa基因的表达量随着处理时间的延长呈现先增加后降低的趋势,分别在6 h和10 h达到最高(图6D、E);而在SA处理下,MePP2CAa基因的表达量随着处理时间的延长先降低后增加,在24 h达到最高(图6F)。以上结果表明MePP2CAa基因可受到不同逆境和激素处理的诱导表达。

图5  MePP2CAa在不同组织中的表达量

Fig.5  MePP2CAa expression in different tissues

R1―R4储藏根发育90、150、210、270 d。*和**分别表示在0.05和0.01水平上差异显著。R1-R4 represent storage roots developed for 90 d, 150 d, 210 d and 270 d, respectively. * and ** indicate significant difference at 0.05 and 0.01, respectively.

图6  MePP2CAa基因在不同胁迫和激素处理条件下的表达

Fig.6  MePP2CAa expression under different stress and hormone treatments

A:NaCl处理 NaCl treatment;B:甘露醇处理 Mannitol treatment;C:冷处理 Cold treatment;D:MeJA处理 MeJA treatment;E:ABA处理 ABA treatment;F:SA处理 SA treatment. 不同小写字母表示在0.05水平差异显著 Different lowercase letters indicate significant difference at 0.05 level.

2.5 MePP2CAaPYLs基因的互作验证

MePP2CAa基因自激活检测结果如图7所示,pGBKT7-MePP2CAa能够在SD/‒Trp和SD/‒His培养基上生长,并且在SD/‒His/X-α-gal培养基上呈现出蓝色,表明MePP2CAa具有一定的自激活活性。因此,构建pGADT7-MePP2CAa载体用于酵母双杂交试验。

图7  MePP2CAa自激活检测

Fig.7  Analyses of MePP2CAa self-activation in yeast

前人研究发现,ABA信号转导途径中PP2CA亚家族成员可以与PYLs家族成员互作。为证明MePP2CAa参与了ABA信号通路的调控,本研究构建了MePYL1-MePYL4基因酵母表达载体,分析了MePP2CAa与MePYL1-MePYL4的互作关系,结果如图8所示,所有组合在SD/‒Trp/‒Leu培养基上都表现出正常的生长。在SD/‒Trp/‒Leu/‒Ade/‒His培养基上,pGADT7-MePP2CAa+pGBKT7-MePYL1和pGADT7-T+pGBKT7-53阳性对照有菌落形成;而pGADT7-MePP2CAa+pGBKT7-MePYL2/MePYL3/MePYL4组合及pGADT7-T+pGBKT7-Lam阴性对照则没有菌落产生,表明MePP2CAa与MePYL1存在相互作用。

图8  酵母双杂交筛选互作蛋白

Fig.8  Yeast two-hybrid assays between the candidate proteins

3 讨论

ABA在植物中发挥着重要的作用,帮助植物适应不同的环境变化和应对胁迫。Umezawa

6在拟南芥中鉴定了ABA受体及其核心信号转导通路(ABA受体PYR/PYL/RCARs、蛋白磷酸酶PP2CAs和蛋白激酶SnRK2s)。在没有ABA存在的情况下,PP2CAs会抑制SnRK2s对下游靶蛋白的磷酸化,而一旦ABA出现,PYL和PP2CAs会相互结合,SnRK2s被释放,磷酸化其他靶标蛋白,并进一步激活ABA信号传导通6。PP2CAs在ABA信号传导通路中扮演着关键的角色,深入研究其功能显得尤为重要。本研究成功克隆了1个PP2CA亚家族成员MePP2CAa。通过表达分析发现,MePP2CAa基因在木薯Agr7的不同组织中呈现差异表达。在储藏根、茎和叶中均表现出较高的表达水平,尤其是在储藏根中的表达水平最为显著。这一结果表明MePP2CAa基因可能在木薯储藏根的生长和发育中发挥着重要的功能。相关研究发现,PP2C基因在其他作物的不同组织中也存在不同的表达模式,比如小麦TaPP2C-a10基因在叶片和种子的不同发育阶段均有表达,但在种子开花后20 d的表达水平最30。同样,二穗短柄草BdPP2CA6基因在根、茎、叶和芽中也有表达,但以茎中的表达水平最31。这些结果表明PP2C基因的表达水平与植物不同组织的生长和发育过程之间存在密切关系。

植物中的A类PP2C基因通常对各种逆境胁迫表现出响应。拟南芥的研究发现,A类PP2C基因在对ABA信号的负调控方面表现出相似的功能,参与拟南芥的氧化胁迫反

32-33和抗冷胁迫的响34。对于重要作物水稻和玉米,A类PP2C基因在应对如高盐、干旱和低温等非生物逆境也呈现出不同程度的响1423-24。本研究的结果显示,MePP2CAa基因可以被低温、甘露醇、NaCl、ABA、MeJA和SA诱导,这与笔者所在课题组前期RNA-seq试验结35相符。然而,与此相反,FsPP2C2基因的超表达在增强植物对逆境胁迫的抵抗力的同时,也提高了对ABA信号的敏感36AtPP2CG1基因的超表达也被证明能够提高植株对高盐胁迫的抵抗力和对ABA信号的敏感37。本研究中,酵母双杂交实验明确了MePP2CAa和MePYL1蛋白存在相互作用,这进一步证实了MePP2CAa属于PP2C A亚家族,并可能参与ABA信号转导。根据以上结果推测,MePP2CAa基因可能通过ABA信号通路来响应非生物胁迫,但MePP2CAa在ABA信号转导中发挥正调控还是负调控作用尚不明确。这些结果可为进一步解析MePP2CAa基因在ABA信号通路中的功能提供参考。

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