摘要
针对现有生物被膜检测方法耗时、费力、低效的问题,以大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、沙门氏菌为例,研究荧光高光谱技术对不同细菌生物被膜进行种类识别和成膜能力评价的可行性。采集细菌生物被膜样本荧光高光谱图像,并基于5种方法预处理后的光谱数据建立支持向量机分类(support vector classification machine,SVC)和偏最小二乘判别分析(partial least squares discriminant analysis model,PLS-DA)细菌被膜分类检测模型。利用连续投影算法(successive projections algorithm,SPA)、竞争性自适应重加权算法(competitive adaptive reweighted sampling,CARS)分别提取特征波长并建立相应简化模型。结果显示:细菌生物被膜种类识别全波长和特征波长模型中SVC性能均优于PLS-DA,最优模型为None-SPA-SVC,校正集和预测集分类准确率均为96.67%。在细菌生物被膜成膜能力的全波长模型分类判别中, SVC算法整体上分类准确率优于PLS-DA;对于简化模型,最优模型为SPA-SVC,校正集和预测集分类准确率分别为100.00%和96.67%。研究结果表明,高光谱技术可以对细菌生物被膜种类及生物被膜的成膜能力进行有效、快速、准确地分类。
生物被膜是细菌和细菌衍生物(蛋白质、多糖、肽聚糖和磷脂等物质)不可逆地附着于生命体或无生命物体表面形成的细菌群体,它将整个菌体群落包裹其中,是细菌有组织生长的聚集体,对抗生素和消毒杀菌剂等外界因素有着较强的抗
生物被膜种类目前大多通过分子生物学方法和质谱技术进行识别。Wagner
高光谱技术集光谱与图像于一体,常用于各种物料的无损检
试验所用细菌肠道致病性大肠杆菌(E.coli O157:H7,后文简写为EC)、鼠伤寒沙门氏菌(Salmonella typhimurium SH16SP46,后文简写为ST)、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus ZL0126,后文简写为SA) 均采集于华中农业大学农业微生物资源发掘与利用全国重点实验室。将3种菌株在LA(Luria-Bertani agar)板上划线,37 ℃的条件下活化培养12~24 h。活化后菌株分别接种LB(Luria-Bertani)培养基,37 ℃,200 r/min条件下振荡培养8~10 h,调节LB调菌液OD600=1(相当于1
将3种细菌菌液按照1∶100稀释,加入96孔细胞培养板中培养,每孔100 µL。由于不同细菌的成膜能力不同,设置不同培养时间和条件:大肠杆菌28 ℃静置培养24、72、120、168 h;沙门氏菌30 ℃静置培养12、24、48、80 h;金黄色葡萄球菌28 ℃静置培养6、12、24、80 h。阴性对照组为无菌培养基。
不同培养阶段完成后,取当前96孔板生物被膜待测样本,弃去其中培养液,用超纯水洗涤微孔3次并晾干,将干燥的96孔板封装在无菌盒中,用来采集光谱图像。高光谱图像采集完成之后,样本染色,每孔加入125 µL 1%的结晶紫溶液染色固定15 min,流水轻轻冲掉染液,轻甩晾干,每孔加入33%的乙酸溶液150 µL,振荡溶解10 min,使用酶标仪测定OD630,得到样本OD值,除阴性对照外共得到120个样本,其中EC、ST、SA样本分别为32、64、24个。
试验使用的高光谱成像系统由高光谱相机(V10E-CL, 芬兰)、激发波长为365 nm的紫外灯光源、计算机、高精度电控移动平台组成,其光谱范围是300~1 100 nm,光谱分辨率为2.8 nm,光谱间隔为1.25 nm,共520个波段。荧光高光谱采集前,高光谱成像系统预热30 min,并设置相机曝光时间为100 ms,电控移动平台移动速度为1.6 mm/s,保持待测表面与高光谱相机的镜头距离为30 cm左右。对采集到的光谱图像,基于435 nm波长的图像进行感兴趣区域提
为提升模型性能,采用卷积平滑(Savitzky-golay,SG)、矢量归一化(vector normalization,VN)、多元散射校正(multiplicative scattering correction,MSC)、标准正态变量变换(standard normalized variate,SNV)对光谱数据进行预处理以减少或消除其所包含的无关信息和噪
利用SPX
本研究采用竞争性自适应重加权算法(CARS)、连续投影算法(successive projections algorithm,SPA)对波长进行选择,并建立基于优选特征波长的简化模型。竞争性自适应重加权算法通过自适应重加权采样技术选择模型中回归系数绝对值最大的波长点,再利用交叉验证选出最小的子集作为选择的波
根据OD630值对细菌生物被膜成膜能力进行分级。定义ODC(cutoff optical density)为阴性对照平均值加3倍标准差(standard deviation,SD)值。菌株OD<ODC为微弱生物被膜,Ⅰ级成膜能力;ODC<OD<2 ODC为弱生物被膜,Ⅱ级成膜能力;2 ODC<OD<4 ODC为中等生物被膜形成菌株,Ⅲ级成膜能力;OD>4 ODC为强生物被膜形成菌株,Ⅳ级成膜能
使用正确分类率(correct classification rate,CCR)来评估模型性

图1 EC、ST、SA生物被膜样本荧光光谱
Fig.1 EC,ST,SA biofilm sample fluorescence spectra
由
1) 全波段PLS-DA模型结果。通过PLS-DA结合不同的光谱预处理方法,建立基于全波长信息的不同培养时间梯度下3种细菌生物被膜的分类检测模型。以细菌生物被膜分类准确率为指标,比较分析不同光谱预处理下PLS-DA分类模型的识别效果,确定3种细菌生物被膜分类的最佳分类模型。
由
预处理方法Pre-processing method | 校正集准确率/% Calibrationset accuracy | 预测集准确率/%Validationset accuracy | 主成分数Principalcomponent |
---|---|---|---|
无 None | 96.67 | 100.00 | 8 |
SG | 98.89 | 96.67 | 10 |
SNV | 100.00 | 86.67 | 12 |
VN | 100.00 | 90.00 | 12 |
MSC | 100.00 | 90.00 | 13 |
由
2)全波段SVC模型结果。由
预处理方法 Pre-processing method | 校正集准确率/% Calibrationset accuracy | 预测集准确率/% Validationset accuracy | 惩罚因子 Penalty actor | 核函数 Kernelfunction |
---|---|---|---|---|
无 None | 100.00 | 100.00 | 256.0 | 0.329 9 |
SG | 95.56 | 86.67 | 147.03 | 0.189 5 |
SNV | 100.00 | 100.00 | 27.86 | 0.006 8 |
VN | 100.00 | 100.00 | 16.00 | 0.108 8 |
MSC | 100.00 | 96.97 | 5.278 | 0.189 5 |
3)简化模型。为建立简化的生物被膜分类模型,分别采用CARS和SPA筛选特征波长,其分布如

图2 CARS (A)和SPA (B)筛选出的特征波长分布图
Fig.2 Characteristic wavelength distribution map selected by CARS (A),and SPA (B)
由
波长选择方法 Wavelength selection method | PLS-DA | SVC | |||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
校正集准确率/% Calibration set accuracy | 预测集准确率/% Validationset accuracy | 主成分数 Principal component | 校正准确率/% Calibration set accuracy | 预测准确率/%Validation set accuracy | 惩罚因子 Penalty factor | 核函数 Kernel function | |
CARS | 82.22 | 86.67 | 3 | 96.67 | 96.67 | 84.45 | 5.278 0 |
SPA | 91.11 | 93.33 | 5 | 96.67 | 96.67 | 256.00 | 3.031 4 |

图3 3种细菌生物被膜最优模型分类结果混淆矩阵
Fig. 3 Confusion matrix of the optimal model for classification of bacterial biofilm
1)成膜能力PLS-DA全波长分类模型。由
预处理方法Pre-processing method | 校正准确率/%Calibration set accuracy | 预测准确率/%Validation set accuracy | 主成分数 Principal component |
---|---|---|---|
无 None | 83.33 | 86.67 | 7 |
SG | 84.44 | 83.33 | 7 |
SNV | 87.78 | 73.33 | 9 |
VN | 97.78 | 73.33 | 12 |
MSC | 97.78 | 73.33 | 12 |
2)成膜能力SVC全波长分类模型。对4个培养阶段的3种细菌生物被膜光谱进行不同预处理后建立SVC分类模型(
预处理方法 Pre-processing method | 校正准确率/% Calibration set accuracy | 预测准确率/% Validation set accuracy | 惩罚因子 Penalty factor | 核函数Kernel function |
---|---|---|---|---|
无 None | 92.22 | 93.33 | 5.278 | 1.00 |
SG | 92.22 | 93.33 | 5.278 | 1.00 |
SNV | 96.67 | 93.33 | 3.031 | 0.035 9 |
VN | 100.00 | 93.33 | 84.45 | 0.020 6 |
MSC | 100.00 | 93.33 | 48.04 | 0.035 9 |
3) 成膜能力分级简化模型。运用CARS和SPA分别筛选出45和10个特征波长,其分布情况如

图4 CARS(A)和SPA(B)筛选出的特征波长
Fig.4 Characteristic wavelength distribution map selected by CARS(A),and SPA(B)
波长选择方法 method Wavelength selection | PLS-DA | SVC | |||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
校正集准确率/% Calibration set accuracy | 预测集准确率/% Validation set accuracy | 主成分数 Principal component | 校正准确率/% Calibration set accuracy | 预测准确率/% Validation set accuracy | 惩罚因子Penalty factor | 核函数 Kernel function | |
CARS | 93.33 | 93.33 | 6 | 93.33 | 93.33 | 147.03 | 1.741 1 |
SPA | 75.56 | 93.33 | 6 | 100.00 | 96.67 | 256.00 | 5.278 0 |
本研究采集3种不同细菌生物被膜的荧光高光谱图像,结合不同光谱预处理方法和特征波长选择方法,建立了基于SVC和PLS-DA的不同细菌生物被膜分类模型和生物被膜成膜能力分级模型。结果显示:(1)对于3种细菌生物被膜的全波长分类模型,SG、VN、MSC、SNV等不同预处理方法对模型性能的影响不同,SVC最优全波长分类模型为None-SVC,PLS-DA最优全波长分类模型为SG-PLS-DA。对于3种细菌生物被膜的简化分类模型,利用CARS和SPA分别得到66、10个特征波长,基于特征变量所建立最优简化模型为None-SPA-SVC,校正和预测准确率均达到96.67%。(2)对3种细菌生物被膜的成膜能力建立了全波长分类模型和简化模型,对于SVC全波长模型,SNV是最优的预处理方法,得到的SNV-SVC模型校正集和预测集准确率分别为96.67%和93.33%,对于PLS-DA全波长分类模型,SG是最优的预处理方法,SG-PLS-DA校正集和预测集准确率分别为84.44%和83.33%,而对于简化模型,SPA波长选择算法要优于CARS,SPA-SVC为3种细菌生物被膜成膜能力的最优分类模型,校正集和预测集准确率分别为100.00%、96.67%。另外,整体上SVC建立的模型性能要优于PLS-DA。
本研究结果表明,对于细菌高光谱图像样本的分类模型,SVC在预测样本上的性能表现总体优于PLS-DA,原因是PLS-DA属于线性分类,建立在偏最小二乘法回归的基础上,在变量之间存在多重相关性、变量多、样本容量小等问题时,其具有不可替代的优势,但是对于特征数较多的三分类问题来说,只使用2个超平面将不同类别样本分开容易出错,而SVC通过将数据映射到更高维度寻找多个超平面甚至曲面将某些线性不可分的数据点分开,有着更好的拟合能力。
本研究表明,高光谱技术可以快速无损有效地对不同细菌的生物被膜进行种类识别以及评价生物被膜成膜能力,准确度高,相比生物学检测成本更低,检测速度更快。
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