Page 30 - 《华中农业大学学报》2020年第6期

华 中 农 业 大 学 学 报 第 ３９ 卷
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保守结构域预测分析, 以期明确 ４９ 个真菌 RGS 蛋 裂殖酵母 Schizosaccharom y cesp ombe 、 嗜冷裂殖酵
白的数量和类型, 分析植物病原丝状真菌寄生性与 母 Schizosaccharom y cescr y o p hilus 、 八孢裂殖酵母

RGS 蛋白之间的关系, 旨在为今后进一步解析 RGS Schizosaccharom y cesoctos p orus 、 银 耳 Cr yp tococＧ
蛋白在病原真菌的生长发育与致病过程中的功能研 cusneo f ormans 、 松露 Tubermelanos p orum ).
究奠定理论基础. 1.2 真菌中 RGS 蛋白获得
首先, 通过文献资料, 收集前人关于 S．cereviＧ
1 材料与方法
siae 、 A．nidulans [ ５ , ９Ｇ１１ ] 、 M ．or y zae 、 C． g raminicoＧ
1.1 真菌及其基因组数据 la [ ７ ] 、 C．hi gg insianum 等报道的 RGS 蛋白登录号,
选择 １６ 个目共 ４９ 个真菌开展研究, 包括模式 并 利 用 OrthoVenn２ [ １２ ] 在 线 软 件 ( htt p s :// orＧ
生物( 构巢曲霉 A．nidulans 、 酿酒酵母 S．cerevisiＧ thovenn２．bioinfotoolkits．net / task / create ) 对本研究
ae 、 粗 糙 脉 孢 霉 Neuros p oracrassa ); 植 物 病 原 菌 中 ４９ 个真菌开展全基因组直系同源基因簇对比分
( 活体营养型: 玉米丝黑穗病菌 S p orisoriumreiliaＧ 析; 其次, 利用真菌蛋白数据库, 根据 S．cerevisiae
num 、 玉 米 黑 粉 菌 Ustila g o ma y dis 、 松 杨 栅 锈 菌 S２８８C 的 ４ 个 RGS 蛋 白 [ ６ , １３ ] 氨 基 酸 序 列 在 线
Melam p soralarici p o p ulina 、 禾 本 科 布 氏 白 粉 菌 BLAST p 比对, 所有参数均选择默认值; 同时, 利用
:// www．ncbi．nlm．nih． g ov ), 输
Blumeriag raminis 、 小 麦秆锈病菌 Pucciniag raＧ NCBI数据库 ( htt p
”、“ 菌名
minis 、 叶锈菌 Pucciniatriticina 、 花药黑粉菌 MiＧ 入“ 菌名 Re g ulatorsofGＧ p roteinsi g nalin g
crobotr y umviolaceum ; 半 活 体 营 养 型: 稻 瘟 菌 M ． RGS ” 检索 RGS ; 再次, 通过合并、 去重, 获得其他真
or y zae 、 禾谷镰刀菌 Fusarium g raminearum 、 禾谷 菌所含有的 RGS 蛋白序列; 最后, 利用 SMART 预
炭疽菌 C． g raminicola 、 小麦壳针孢叶枯病菌 Z y Ｇ 测上述 RGS 蛋白序列的保守结构域, 最终明确上述

mose p toriatritici 、 希 金 斯 炭 疽 菌 C．hi gg insiaＧ 真菌中的 RGS 蛋白序列.
num 、 藤黑镰刀菌 Fusariumf u j ikuroi 、 西瓜炭疽菌 1.3 系统进化树构建

Colletotrichumorbiculare 、 胶 孢 炭 疽 菌 ColletotriＧ 对得到的 RGS 蛋白序列, 用 ClustalX 进行多
chumg loeos p orioides 、 小麦颖枯病菌 Parasta g onoＧ 重比对分析, 然后用 MEGA７．０．１４ 软件采用邻近法
s p oranodorum 、 圆核腔菌 P y reno p horateres 、 斑点 构建系统进化树, 距离计算采用 p ＧDistance模型, 重

小球腔菌 Le p tos p haeria maculans 、 松穴褥盘孢菌 复 １０００ 次 [ １４ ] .
Dothistromase p tos p orum ; 死 体 营 养 型: 核 盘 菌
2 结果与分析
Sclerotiniasclerotiorum 、 灰霉菌 Botr y tiscinerea 、
大丽轮枝菌 Verticillium dahlia 、 尖孢镰刀菌 FuＧ 2.1 不同寄生性丝状真菌中 RGS 蛋白数量预测及
sariumox y s p orum 、 假禾谷镰刀菌 Fusarium p seuＧ 对比分析
do g raminearum 、 串珠镰刀菌 F．verticillioides 、 腐 利 用 OrthoVenn２ 在 线 软 件 对 ４９ 个 真 菌 中

皮 镰 刀 菌 Fusariumsolain 、 小 麦 全 蚀 病 菌 GaeuＧ RGS 蛋白同源基因簇进行对比, 共获得 ２２４ 条 RGS
mannom y cesg raminis 、草 坪 斑 枯 病 菌 Ma g naＧ 蛋白相关序列, 根据S．cerevisiaeS２８８C 的 RGS 蛋
p orthep oae ); 非 致 病 菌 ( 土 曲 霉 As p er g illusterＧ 白序列在线 BLAST p 比对, 共发现 ２３８ 条序列, 同
reus 、 棒曲霉 As p er g illusclavatus 、 烟 曲 霉 As p erＧ 时, 利 用 NCBI 数 据 库, 进 行 关 键 词 检 索, 共 发 现
g illus f umi g atus 、 费 氏 曲 霉 As p er g illusf ischeri 、 ３１４ 条序列, 对上述所获得的全部 RGS 蛋白序列进
米曲 霉 As p er g illusor y zae 、 黄 曲 霉 As p er g illus 行合并、 去重, 并结合 SMART 保守结构域分析, 最

f lavus 、 黑 曲 霉 As p er g illusni g er 、 里 氏 木 霉 TriＧ 终得到 ２２９ 条含有 RGS 保守结构域的典型 RGS 蛋
chodermareesei 、 绿木霉 Trichodermavirens 、 毕赤 白序列.进一步对上述序列进行分析, 明确不同真

酵母 Koma g ataellap astoris 、 解 脂 耶 氏 酵 母 YarＧ 菌中所含有的 RGS 蛋白数量为 ３~９ 个, 其 中 F．
rowiali p ol y tica 、 棉阿舒囊霉 Ashb y ag oss yp ii 、 日 ox y s p orum 中所含 RGS 蛋白最多, 有 ９ 个, 其次为
本裂 殖 酵 母 Schizosaccharom y cesj a p onicus 、 粟 酒 C． g raminicola , 有 ８ 个; S．cerevisiae 、 U．ma y dis 、